Skóra zmieniona chorobowo jest zaczerwieniona, obrzęknięta, o zmniejszonej elastyczności. W ostrym okresie choroby pokryta jest nadżerkami i sączy.

W fazie przewlekłej dominuje złuszczanie i suchość. Głównym odczuwalnym objawem jest świąd. Niezależnie od wieku w najcięższych przypadkach AZS zmiany mogą być zlokalizowane w różnych częściach ciała, a niekiedy zajmować nawet całą jego powierzchnię. Skład lipidów międzykomórkowych u osób zdrowych jest stały (40-50% ceramidów; 10-20% NKT). W przypadku AZS proporcje te są zachwiane, co objawia się m.in wyżej wspomnianą suchością skóry, wzrostem TEWL, zmniejszeniem elastyczności naskórka, wzrostem skłonności na mikrourazy i łatwiejszym wnikaniem patogenów.

W przebiegu AZS u dzieci możemy wyróżnić dwa okresy kliniczne, różniące się między sobą charakterem zmian skórnych i ich lokalizacją.

Faza pierwsza rozpoczyna się około 3. miesiąca życia i trwa do 2. roku życia dziecka. W tym okresie zmiany lokalizują się na  policzkach, skórze głowy, niejednokrotnie obejmują nawet całą powierzchnię ciała. Najmniejsze prawdopodobieństwo rozpoznania AZS u niemowląt dotyczy okolicy pieluszkowej. Obszar ten najczęściej jest dotknięty pieluszkowym zapaleniem skóry (PZS).

Faza druga (dziecięca) trwa od 2. do 12. roku życia. Faza ta może rozwinąć się z fazy niemowlęcej, bądź zmiany pojawiają się w tym okresie po raz pierwszy. Obszar objęty przez wykwity to najczęściej zgięciowa powierzchnia kończyn (doły łokciowe, podkolanowe, nadgarstki, grzbiety rąk i stóp) oraz skóra na karku.

Warto wspomnieć również o „marszu alergicznym” polegającym na ujawnianiu się coraz to nowych objawów.  U dzieci z atopią najczęściej jest to alergia pokarmowa występująca niemal równolegle ze zmianami skórnymi. W następnej kolejności zmiany śluzówkowe, objawiające się katarem alergicznym (siennym), łzawieniem, kichaniem, dusznościami przeradzającymi się niekiedy w astmę oskrzelową.

Wczesny początek choroby, stopień suchości skóry oraz płeć żeńska są objawami niekorzystnie rokującymi.  Im większa suchość skóry występująca u małych dzieci, tym wyższe prawdopodobieństwo, że choroba będzie dawać oznaki w wieku dorosłym. Niewielka suchość skóry we wczesnym dzieciństwie to korzystny objaw rokowniczy. W odniesieniu do płci większy odsetek chorych w wieku dorosłym stanowią kobiety.